Варіантів у Вас досить багато.
У першу чергу визначитеся з зазором між відкривається вікном і підвіконням, можна дати шар, не буде шар перешкодою при відкритті вікна.
Якщо ні, то наступні варіанти:
Вирівнюємо підвіконня гіпсокартоном під шпаклівку і фарбування, гіпсокартон кріпиться до підвіконня саморізами.
Кілька разів у своїй практиці облицовывал дерев'яні підвіконня кахельною плиткою, робота складна, підготовка складна, але робочий варіант.
Якщо немає можливості дати шар вище запропонованими варіантами, то залишається лише шпаклівка підвіконня шпаклівками по дереву.
Шпаклівок по дереву багато і вони різні, от не погана "Олімп" (OLIMP),