Мабуть Ви неправильно підготували фанеру під фарбування.
Фанера, це склеєний між собою шпон, тобто деревина.
Деревина досить активно може вбирати фарбу, якщо це фанера нормальної вологості.
Звідси і проблеми з нерівномірним її висиханням.
Якщо це не шліфована фанера, то перед фарбуванням вона шліфується і найголовніше грунтується.
Крім того, ґрунтовка врівноважує водопоглинання поверхні.
Я грунтовал фанеру ось такий 