Ну це вже на розсуд. Можна і поверх шпалер, можна і навпаки. Всі виходячи з того, що ви хочете далі, але врахуйте, якщо поклеїти плінтус поверх шпалер, при подальшій поклейки плінтус може відвалиться. Є варіант поклейки шпалер під фарбування, зверху плінтус та всі щілини замазати шпаклівкою, просто потім перефарбовувати шпалери і делов-то.
Другий варіант, стеля "під яєчко", клеїте плінтус, так само замазываете всі щілини, фарбуєте потік з плінтусом, потім підганяєте шпалери, при подальшому зміни сміливо можна виривати шпалери не торкаючись плінтусів.