Особисто я просто залив таку западину розплавленим гудроном (довелося влити два відра) Гудрон охолов і застиг,тепер нічого не протікає).
Думаю, що закривати зверху вже гідроізольований ділянку необхідності немає (тільки мастика буде сохнути значно довше).
Розгляньте варіант з кусковим гудроном - все-таки вже перевірений.