Штукатурні маяки потрібно було виймати з штукатурки, є у продажу пластикові штукатурні маяки, от їх можна було залишити вони не іржавіють.
Скоріше всього Ви правИлом пошкодили тонкий цинковий захисний шар на маяках і вони почали іржавіти.
Або пошкодили маяки (захисний шар) наждачним папером, якщо шкурили стіни.
Цей процес Ви не зупините, навіть якщо будете шпаклювати по штукатурці іржа згодом виявиться ось таким чином