Якщо саме природний, то такого матеріалу немає, тобто взагалі. Навіть звичайний цемент, це вже не природний матеріал, а матеріал вироблений не природним (природним) шляхом.
Єдине що можна назвати природним, це керамзит але і він отримується шляхом випалення легкоплавкої глини, але все ж цей матеріал ближче всіх до природних.
На початку встановлюються лаги, потім в осередку між лагами засипається керамзит, але і тут треба додавати не більшу частину не природного матеріалу, цементу (легкий бетон).
Правда можна просто засипати керамзит і зверху на лаги статеві дошки.
От цей варіант, мабуть єдиний природний.
До речі керамзит теплоізолятор не поганий, а за ціною зовсім не дорогий.
Керамзит звичайно не найкращий звуко-ізолятор (порівняно), але за рахунок шару і своїх властивостей, шум у Вашій квартирі зменшиться.
Все ж якщо дійсно стоїть завдання зробити якісну звукоізоляцію підлог, то доведеться купувати не природного походження матеріали.
Приміром плити "Шумостоп",