Загалом основна причина, тим більше Ви пишіть що ремонт йшов тривалий час, це засмічення, накип, іржа, просто бруд із-за брудного теплоносія і так далі.
Скоріше всього проблема в датчику протоки (проблема та ж, датчик протоку не працює через засмічень, накипу, бруду).
Датчик протоку (якщо трохи простіше) - це вентилятор який крутиться при проході через нього води, виробляється струм і подається сигнал на електроніку котла, яка в свою чергу запалює газ який і нагріває воду.
Більш того, поломка цього датчика може не відбиватися на індикаторі, тобто помилки не видно.
Вода через датчик йде, але "лопаті вентилятора" не крутяться.
Вам треба чистити цей датчик.
Найчастіше не можливо усунути проблему не знімаючи датчик протоку, тому раджу одразу це зробити, датчик зняти і прочистити.
Виглядати він (датчик протоку) може ось так,