Не треба.
Силіконовий герметик служить для заповнення будь-яких порожнин між нерухомих деталей, а тут лист шиферу в будь-якому випадку буде гуляти, просто по температурних і погодних умов. То +40, то -40, то сонце, то дощ. Нехай на міліметр - два, але рухається.
Шифер використовують не один десяток років, думати що всі краплі дощу полізуть у зазор між цвяхом та шифером просто абсурд.
Цвяхи забиваються тільки в вершину хвилі, капелюшок шиферного цвяха досить велика, так що ймовірність попадання води під шифер близька до нуля.
Так що герметик-просто зайві витрати.