Чим би ви не герметизували примикання, зовнішній вигляд не покращиться, так і гарантії того, що на стику не оселиться цвіль, немає. Всі існуючі герметики (навіть сантехнічні та поліуретанові) довго не протягнуть і з часом почнуть відходити, так і грибок на них поселяється. Хіба що зробити декоративний шов з безбарвної епоксидної затірки. Вона буде практично не помітна, а ще має нульове водопоглинання і відмінно тримається на більшості поверхонь, навіть на металевих.
Кращий варіант - демонтувати підвіконня, завести його під раму, подклинить щільно, щоб не було зазору, і запінити знизу монтажною піною. Вона при розширенні ще більше підтисне підвіконня і у вас не буде жодних проблем з примиканням.