Виходячи з Вашого опису проблеми, можна припустити:
- плінтус у Вас дерев'яний і закріплений на стінах.
- усадку дав не будинок, а основу підлоги (стіни залишилися на своєму місці.
Зашпаклювати такі щілини між підлогою і плінтусом) звичайно ж можна. Використовувати для цього можна будь-яку шпаклівку по дереву. Але наскільки це доцільно?
Дім, а точніше пів будинку може продовжувати давати усадку і щілина знову з'явиться.
Крім цього, в процесі виконання шпаклювальних робіт Ви напевно забрудните в районі плінтуса і підлоги весь простір, а відмивати - робота не для слабкодухих.
Думаю, що оптимальним варіантом усунення Вашої проблеми було б зробити перемонтаж плінтуса. Якщо його монтували на саморізи - взагалі ніяких проблем немає (відкрутив, змістив, закрутив), з цвяхами буде складніше, але місія здійсненна.