Якщо Ви бажаєте, щоб її не було видно, то, бажано, таку ж як і масив дерева, з якого виготовлений підлогу.
Можна втопити цвяхи, закрити тріщини і щілини...
Зазвичай, це шпаклівка "під сосну", в маленьких банках.
Я брав саме в маленьких, що б не засохла і не було надлишок.
Якщо у Вас підлогу з інших порід деревини, то і для них є своя шпаклівка (ціна однакова).