Причин такої поведінки затірки (фуги) досить багато і "що робити" залежить від ситуації:
При замісі (мова про фуги на цементній основі) не дотримувалися пропорції води і самої затірки, у даному випадку (нерівномірний колір) додали надто багато води, фуга висихала нерівномірно.
Плюс до цього поспішили витерти шви вологою губкою тим самим ще більше збільшили кількість води в затірці.
Спробуйте просушити затірку трохи більше часу ніж за інструкцією, якщо колір затирання у швах залишився незмінним (нерівномірним) то доведеться повністю видаляти фугу із швів і фугувати плитку знову.
Можливо сам заміс був виконаний не правильно (тут найчастіше йдеться про кольоровий затірці), тобто при замісі не ретельно до однорідної маси замішані фугу звідси і проблеми.
У цьому випадку найчастіше шви доведеться затирати повторно з повним видаленням старого фуги із швів.
Можливо у Вашій кахельної плитки занадто велике водопоглинання, плитка активно вбирає вологу з фуги і тому колір затірки нерівномірний.
Вам треба було перед фугуванням трохи зволожити шви плитки, якщо цього не зробили роботу доведеться переробляти.
Можливо фуговали шви затіркою з вичерпаним терміном придатності.
З особистого досвіду можу додати, деякі замовники замість покупки кольоровий фуги, купують ось такий водорозчинний колер