У Вашому випадку була порушена правильна послідовність дій.
На початку кріпиться стельовий плінтус і від нього клеяться шпалери, а не навпаки.
Між стельовим плінтусом і стіною, між плінтусом і стелею (плінтус фіксується і до стелі і до стіни) можуть бути щілини, які шпаклюються, або заповнюються герметиком (білим, силіконовим)
Якщо шпалери вже поклеїли, то зашпаклювати ті самі щілини не вийде, без пошкодження шпалер.
Більш того, стельовий плінтус може забарвлюватися, пофарбувати плінтус і не забруднити шпалери фарбою, вкрай складно.
Але якщо так вийшло, то Вам потрібен клей з дуже високою початковою адгезією і клей, який швидко висихає.
Я зазвичай використовують ось такий